Saat ini telah terdapat ratusan bahkan mungkin ribuan aliran Reiki. Pada awalnya aliran Reiki yang ada hanyalah aliran Reiki tradisional Usui dari garis Nyonya Hawayo Takata. Setelah kematian Nyonya Takata pada tahun 1980, aliran-aliran baru mulai bermunculan, yang diawali oleh Raku Kai Reiki. Aliran-aliran baru ini muncul karena beberapa Master Reiki merasakan ada kekurangan dalam Reiki Tradisional Usui. Memang Nyonya Takata sendiri, tidak mengajarkan praktek meditasi kepada para muridnya. Tidak diketahui praktek-praktek tersebut tidak diajarkan oleh Dr Chujiro Hayashi kepada Nyonya Takata, atau Nyonya Takata sendiri yang memang tidak mengajarkannya karena merasa orang Barat tidak akan bisa menerimanya. Karena merasa adanya kekurangan tersebut, para Master banyak yang menambahkan teknik dari yoga, chi kung, magick, wicca dan yang lainnya.

Di sini saya hanya akan menjelaskan beberapa aliran saja dari sekian banyak aliran yang ada, yang dirasa penting untuk diketahui.

• Tradisional Usui Reiki, merupakan Reiki yang berasal dari silsilah Nyonya Hawayo Takata. Bisa dikatakan seluruh Reiki yang berasal dari Nyonya Takata sebagai Tradisional Usui Reiki.
• Raku Kai Reiki, dikembangkan oleh Arthur Robertson murid Iris Ishikuro, dalam prakteknya menggabungkan simbol antahkarana, teknik Violet Breath, Hui Yin, simbol Tibetan, ritual O Sui Ching water dan simbol Johrei.
• Radiance Technique™ atau Real Reiki™, dikembangkan oleh Barbara Weber Ray, mengklaim memiliki informasi yang tidak diberikan Nyonya Takata ke Master lain. Aslinya aliran ini terdiri dari 3 level, sekarang berkembang menjadi 6 level.
• Seichim Reiki, ditemukan oleh Patrick Ziegler pada tahun 1980, setelah mendapatkan pengalaman spiritual dalam Great Pyramid di Mesir dan setelah mendapatkan Sufi Empowerment dari seorang Sufi Master yaitu Syeikh Osman Bahrani. Seichim Reiki ini dikembangkan oleh T'om Seaman, Ken Lowry dan Phoenix Summerfield. Bentuk terakhir dari Seichim Reiki yang dikembangkan oleh Patrick Zieglar adalah SHKM.
• Tera Mai Reiki™, dikembangkan oleh Kathleen Milner, berasal dari Raku Kai Reiki, ditambah simbol dan prosedur attunement baru yang didapatkan dari "a higher being" yang dipercaya sebagai Satya Sai Baba.
• Usui-Tibetan Reiki, dipopulerkan oleh William Lee Rand dan Diane Stein, berasal dari Raku Kai Reiki. Terdiri atas empat level, yaitu level 1, 2, 3a dan 3b. Dalam prakteknya menambahkan teknik penggunaan kristal, guides, healing attunement dan simbol Tibetan.
• Vajra Reiki, sebelumnya disebut Johrei Reiki, dikembangkan dari Raku Kai Reiki, menggunakan simbol white light (johrei) sebagai bagian dari praktek dan attunementnya. Johrei aslinya dikembangkan oleh Mokichi Okada yang hidup sejaman dengan Sensei Mikao Usui.
• Tradisional Japanese Reiki, dikembangkan oleh Dave King di Canada. Didasarkan pada informasi yang berasal dari garis silsilah Dr Chujiro Hayashi yang tidak termasuk ke dalam silsilah Nyonya Takata.
• Karuna Reiki™, dikembangkan oleh William Lee Rand. Berasal dari bentuk Tera Mai Reiki™ sebelum aliran tersebut disebut Tera Mai Reiki™. Awalnya Karuna Reiki™ bernama Sai Baba Reiki. Dalam Karuna Reiki™ terdapat registrasi ke pusat, di mana seorang Master bila ingin memberikan sertifikasi untuk Master Karuna Reiki™ baru harus membayarkan sejumlah fee ke pusat. Registrasi disebutkan katanya untuk menjaga agar bentuk Karuna Reiki™ tidak berubah tetap pada bentuk aslinya.
• Karuna Ki, dikembangkan oleh Vincent Amador. Simbol yang digunakan berasal dari Karuna Reiki dan Tera Mai Reiki. Aliran ini merupakan aliran yang bebas dari registrasi, biasanya Master Karuna Reiki pun saat mengajarkan kepada muridnya ada yang mengubahnya menjadi Karuna Ki.
• Neo Zen Reiki, dikembangkan oleh Anand Krishna, merupakan Reiki tradisional Usui yang ditambahkan simbol sanskrit yang didapatkan oleh Anand Krishna.
• gTummo Reiki (sekarang menjadi Innersun Reiki), dikembangkan oleh Jeanne Garner, yang mengalami gejala kebangkitan energi gTummo secara alamiah. Sepertinya gTummo Reiki merupakan gTummo yang di-Reiki-kan, untuk memudahkan dalam mengajarkannya. Awalnya aliran ini bernama gTummo Reiki, sekarang menjadi Innersun Reiki. Tidak diketahui banyak mengenai alasan perubahan nama tersebut.
• Reiki Tummo, dikembangkan oleh Irmasyah Effendi di Indonesia, menyebutkan sebagai Reiki yang berasal dari Tibet dan ilmu tertinggi Lama Tibet. Jadi aliran ini tidak didasarkan pada aliran Reiki tradisional Usui. Dalam prakteknya terdiri dari empat level, yaitu level 1, 2, 3a dan 3b. Untuk level 3b diberikan sangat selektif, bila ada yang meminta level 3b biasanya diberikan level Master Reiki Usui. Aliran ini mengklaim bisa membangkitkan kundalini dengan aman, dan lebih tinggi dari Reiki Usui. Bila diperhatikan merupakan kundalini yang di-Reiki-kan. Simbol yang digunakan sama dengan yang ada di gTummo Reiki, tidak tahu kenapa simbolnya bisa sama.
• Reiki Sufi, dikembangkan oleh Sami Juhani Pajunen dari Finlandia. Aliran ini menggunakan konsep moment sebagai basisnya dan mengakses energi sufistik. Reiki Sufi termasuk aliran Reiki gratis yangberkembang pesat beberapa tahun ini, terutama di Indonesia.
• Kundalini Reiki, dikembangkan oleh Olle Gabrielson. Didasarkan pada hasil chanelling dari Master Kundalini, yaitu Kuthumi. Aliran ini terdiri atas 9 level. Aliran ini mengklaim bisa membangkitkan kundalini dengan aman, pembangkitan kundalini diberikan pada level 2. Saya perhatikan jalur energi yang dibuka untuk tiap attunement adalah sama dengan yang dibuka dalam Reiki Tummo. Saya melihat juga aliran ini sebagai Kundalini yang di-Reiki-kan.